微生态研究

研究正常微生物群的结构、功能及其与宿主相互依赖和相互制约关系的科学

项目介绍

16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”,其序列包含9个可变区(Variable region)和10个保守区(constant region)。微生物多样性测序(又称扩增子测序)是利用二/三代测序平台,对16S rDNA等特定区段PCR产物进行高通量测序,突破传统微生物不可培养的缺点,获得环境样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。



生信分析

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慕柏优势

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结果展示

Lefse分析:

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Lefse主要用于寻找组间差异显著的物种,包括基因,代谢和分类,用于区别两个或两个以上生物类群。红色区域和绿色区域表示不同分组,树枝中红色节点表示在红色组别中起到重要作用的微生物类群,绿色节点表示在绿色组别中起到重要作用的微生物类群,黄色节点表示的是在两组中均没有起到重要作用的微生物类群。

Heatmap 分析:

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根据所有样品在属水平的物种注释及丰度信息,使用秩和检验分析挑取各组样本中存在显著差异OTU,根据挑选出来的差异OTU,根据其在每个样品中的丰度信息,从物种和样品两个层面进行聚类,绘制成热图,便于发现哪些物种在哪些样品中聚集较多或含量较低或主要差异的物种信息。